Rootogramでモデルのあてはまりを評価

自己紹介

• 氏名: 伊東宏樹
• 専門: 森林生態学（+統計モデリング）
• 共訳書: 『BUGSで学ぶ階層モデリング入門』『生態学のための階層モデリング』など
• 分担執筆: 『岩波データサイエンス Vol.1』『岩波データサイエンス Vol.6』『たのしいベイズモデリング2』など

Rootogram

• 離散値データのあてはまり度合いを可視化

• 論文: Kleiber, C. and Zeileis, A. (2016) Visualizing count data regressions using rootograms. The American Statistician. 70(3): 296–303. https://arxiv.org/abs/1605.01311.

bayesplot::ppc_rootogram()

例 (style = “standing”)

使い方

ppc_rootogram(y, yrep,
              style = c("standing",
                        "hanging",
                        "suspended"))

• y: 観測値
• yrep: 事後予測分布からの複製データ
• style: スタイル

例 (style = “hanging”)

例 (style = “suspended”)

複製データのつくりかた

Stanの場合

model {
  Y ~ poisson(lambda);
}
generated quantities {
  array[n] int yrep;
  for (n in 1:N)
    yrep[n] = poisson_rng(lambda);
}

BUGSの場合

for (n in 1:N) {
  Y[n] ~ dpois(lambda)
  yrep[n] ~ dpois(lambda)
}

サンプルコード

GitHubにおいてあります。https://github.com/ito4303/TokyoR109