データの読み込みから可視化

自己紹介

• 氏名: 伊東宏樹

• 3月まで森林総合研究所勤務

• 4月から個人事業主（伊東生態統計研究室）

• データ解析、執筆・翻訳、研修講師などお引き受けいたします。

• 出版物: 『BUGSで学ぶ階層モデリング入門』『生態学のための階層モデリング』（以上共訳）など

本日の内容

• Rについて

• データの読み込み

  • 整形・変形

• データの可視化

• 地理空間データ

Rとは

• オープンソースの、統計計算とグラフィックのためのシステム

• https://www.r-project.org/

• 言語と環境（グラフィックなど）

• 2万を超えるパッケージ

  • 専門的な統計的手法もだいたいある

RStudio

• Posit社が開発している統合開発環境

データ読み込みと可視化

データの読み込み (Import)

パッケージ利用で各種データファイルをRに読み込むことができる

• CSV, TSV: readrパッケージなど
• Excel: readxlパッケージなど
• ODS: readODSパッケージ
• JSON: jsonliteパッケージ
• Parquet: arrowパッケージ

など

データの整形 (Tidy)・変形 (Transform)

• tidyr, dplyrパッケージなど（tidyverseメタパッケージに含まれている）

• 整然データにする

  • 1つの変数が1つの列
  • 1つの観測が1つの行
  • 1つのタイプの観測ユニットが1つのテーブル
  • 1つの値が1つのセル

• 整然データを、利用目的に応じて変形する

可視化 (Visualize)

グラフ作成のパッケージ

• デフォルトのgraphicsパッケージ (base graphics)
• ggplot2パッケージ
• plotlyパッケージ
• tidyplotsパッケージ

など

地理空間データ

• 最近では、sfパッケージを使うことが多い¹

  • GISデータ規格のOGC simple feature access対応
  • 読み込み対応
    • シェープファイル, GeoJSON, GPX, KMLなど

実演

おわりに

わからないことは

• 公式マニュアル
• 参考文献
• コミュニティ
  • Slack:r-wakalang 参加方法は https://github.com/tokyor/r-wakalang
  • mandaRa https://scrapbox.io/mandaRa/
• ChatGPT
• 検索

参考文献

• RユーザのためのRstudio［実践］入門（改訂2版）（松村優哉・湯谷啓明・紀ノ定保礼・前田和寛, 技術評論社, 2021年）

• データ分析のためのデータ可視化入門（キーラン・ヒーリー(著), 瓜生真也・江口哲史・三村喬生(訳), 講談社, 2021年）

• Rではじめる地理空間データの統計解析入門（村上大輔, 講談社, 2022年）